上图左侧的小窗口就是我的变量 counts,提前读入的,使用read.table::fread
出现上述报错,最后根据网上各种办法发现是,在作计算时错把基因名也当作数据进行计算了,所以出现报错。
解决办法:把第1列的基因名先去掉,重新命名一个变量。
我在作的内容:提取表达量至少在一半的样本中超过100且平均表达量超过200的基因。
错误代码如下
sel1 <- apply(counts,1, function(x)sum(x > 100)) > ncol(counts)/2
sel2 <- c(apply(counts, 1, mean) > 200)
data_select <- counts[sel1 & sel2,]
#上述代码就是出现报错的代码。
正确代码如下
ayaya <- counts[,-1] #赋值一个新的变量ayaya,把基因名的列删掉,然后计算逻辑值
sel1 <- apply(ayaya,1, function(x)sum(x > 100)) > ncol(counts)/2
sel2 <- c(apply(ayaya, 1, mean) > 200)
data_select <- counts[sel1 & sel2,]
出现上述问题的时候按照其他人的经验以为是有“,”分割符在数字内,导致识别错误,所以使用函数如下,试图把counts转换一下,出现警告说在强制转换的时候有的被改成了NA,点进取才发现counts的第一列基因名全被变成了NA,这才意识到问题出在了哪里。
gsub(",","",counts)
counts <- as.data.frame(lapply(counts,as.numeric))
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