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拓端tecdat|R语言使用贝叶斯层次模型进行空间数据分析

时间：2020-10-17 21:16:08

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原文出处：拓端数据部落公众号

介绍

在本节中，我将重点介绍使用集成嵌套拉普拉斯近似方法的贝叶斯推理。

可以估计贝叶斯层次模型的后边缘分布。鉴于模型类型非常广泛，我们将重点关注用于分析晶格数据的空间模型。

数据集：纽约州北部的白血病

为了说明如何与空间模型拟合，将使用纽约白血病数据集。该数据集记录了普查区纽约州北部的许多白血病病例。数据集中的一些变量是：

Cases：1978-1982年期间的白血病病例数。POP8：1980年人口。PCTOWNHOME：拥有房屋的人口比例。PCTAGE65P：65岁以上的人口比例。AVGIDIST：到最近的三氯乙烯（TCE）站点的平均反距离。

鉴于有兴趣研究纽约州北部的白血病风险，因此首先要计算预期的病例数。这是通过计算总死亡率（总病例数除以总人口数）并将其乘以总人口数得出的：

rate <- sum(NY8$Cases) / sum(NY8$POP8)NY8$Expected <- NY8$POP8 * rate

一旦获得了预期的病例数，就可以使用标准化死亡率（SMR）来获得原始的风险估计，该标准是将观察到的病例数除以预期的病例数得出的：

NY8$SMR <- NY8$Cases / NY8$Expected

疾病作图

在流行病学中，重要的是制作地图以显示相对风险的空间分布。在此示例中，我们将重点放在锡拉库扎市以减少生成地图的计算时间。因此，我们用锡拉丘兹市的区域创建索引：

# Subset Syracuse citysyracuse <- which(NY8$AREANAME == "Syracuse city")

可以使用函数spplot（在包中sp）简单地创建疾病图：

library(viridis)## Loading required package: viridisLitespplot(NY8[syracuse, ], "SMR", #at = c(0.6, 0.9801, 1.055, 1.087, 1.125, 13),col.regions = rev(magma(16))) #gray.colors(16, 0.9, 0.4))

## Loading required package: viridisLite

可以轻松创建交互式地图

请注意，先前的地图还包括11个受TCE污染的站点的位置，可以通过缩小看到它。

混合效应模型

泊松回归

我们将考虑的第一个模型是没有潜在随机效应的Poisson模型，因为这将提供与其他模型进行比较的基准。

模型：

请注意，它的glm功能类似于该功能。在此，参数E用于预期的案例数。或设置了其他参数来计算模型参数的边际

（使用control.predictor）并计算一些模型选择标准（使用pute）。

接下来，可以获得模型的摘要：

summary(m1)

## ## Call:## Time used:##Pre = 0.368, Running = 0.0968, Post = 0.0587, Total = 0.524 ## Fixed effects:##mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## (Intercept) -0.065 0.045-0.155 -0.0650.023 -0.064 0## AVGIDIST0.320 0.0780.160 0.3220.465 0.327 0## ## Expected number of effective parameters(stdev): 2.00(0.00)## Number of equivalent replicates : 140.25 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 948.12## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 418.75## Effective number of parameters .....................: 2.00## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 949.03## Effective number of parameters .................: 2.67## ## Marginal log-Likelihood: -480.28 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

具有随机效应的泊松回归

可以通过在线性预测变量中包括iid高斯随机效应，将潜在随机效应添加到模型中，以解决过度分散问题。

现在，该模式的摘要包括有关随机效果的信息：

summary(m2)

## ## Call:## Time used:##Pre = 0.236, Running = 0.315, Post = 0.0744, Total = 0.625 ## Fixed effects:##mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## (Intercept) -0.126 0.064-0.256 -0.125-0.006 -0.122 0## AVGIDIST0.347 0.1050.139 0.3460.558 0.344 0## ## Random effects:## NameModel##ID IID model## ## Model hyperparameters:## mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode## Precision for ID 3712.34 11263.70 3.526.94 39903.61 5.18## ## Expected number of effective parameters(stdev): 54.95(30.20)## Number of equivalent replicates : 5.11 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 926.93## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 397.56## Effective number of parameters .....................: 61.52## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 932.63## Effective number of parameters .................: 57.92## ## Marginal log-Likelihood: -478.93 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

添加点估计以进行映射

这两个模型估计可以被添加到SpatialPolygonsDataFrameNY8

NY8$FIXED.EFF <- m1$summary.fitted[, "mean"]NY8$IID.EFF <- m2$summary.fitted[, "mean"]spplot(NY8[syracuse, ], c("SMR", "FIXED.EFF", "IID.EFF"),col.regions = rev(magma(16)))

晶格数据的空间模型

格子数据涉及在不同区域（例如，邻里，城市，省，州等）测量的数据。出现空间依赖性是因为相邻区域将显示相似的目标变量值。

邻接矩阵

可以使用poly2nbpackage中的函数来计算邻接矩阵spdep。如果其边界至少在某一点上接触，则此功能会将两个区域视为邻居：

这将返回一个nb具有邻域结构定义的对象：

NY8.nb

## Neighbour list object:## Number of regions: 281 ## Number of nonzero links: 1624 ## Percentage nonzero weights: 2.056712 ## Average number of links: 5.779359

另外，当多边形的重心已知时，可以绘制对象：

plot(NY8) plot(NY8.nb, coordinates(NY8), add = TRUE, pch = ".", col = "gray")

回归模型

通常情况是，除了\（y_i \）之外，我们还有许多协变量 \（X_i \）。因此，我们可能想对\（X_i \）回归\（y_i\）。除了协变量，我们可能还需要考虑数据的空间结构。

可以使用不同类型的回归模型来建模晶格数据：

广义线性模型（具有空间随机效应）。空间计量经济学模型。

线性混合模型

一种常见的方法（对于高斯数据）是使用

具有随机效应的线性回归：

\ [

Y = X \ beta + Zu + \ varepsilon

随机效应的向量\（u \）被建模为多元正态分布：

\ [

u \ sim N（0，\ sigma ^ 2_u \ Sigma）

\（\ Sigma \）的定义是，它会引起与相邻区域的更高相关性，\（Z \）是随机效果的设计矩阵，而

\（\ varepsilon_i \ sim N（0，\ sigma ^ 2），i = 1，\ ldots，n \）是一个误差项。

空间随机效应的结构

在\（\ Sigma \）中包括空间依赖的方法有很多：

同步自回归（SAR）：

\ [

\ Sigma ^ {-1} = [（I- \ rho W）'（I- \ rho W）]

条件自回归（CAR）：

\ [

\ Sigma ^ {-1} =（I- \ rho W）

（ICAR）：

\ [

\ Sigma ^ {-1} = diag（n_i）– W

\（n_i \）是区域\（i \）的邻居数。

\（\ Sigma_ {i，j} \）取决于\（d（i，j）\）的函数。例如：

\ [

\ Sigma_ {i，j} = \ exp \ {-d（i，j）/ \ phi \}

矩阵的“混合”（Leroux等人的模型）：

\ [

\ Sigma = [（1 – \ lambda）I_n + \ lambda M] ^ {-1}; \ \ lambda \ in（0,1）

ICAR模型

第一个示例将基于ICAR规范。请注意，使用f-函数定义空间潜在效果。这将需要一个索引来识别每个区域中的随机效应，模型的类型和邻接矩阵。为此，将使用稀疏矩阵。

## ## Call:## Time used:##Pre = 0.298, Running = 0.305, Post = 0.0406, Total = 0.644 ## Fixed effects:##mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## (Intercept) -0.122 0.052-0.226 -0.122-0.022 -0.120 0## AVGIDIST0.318 0.1210.075 0.3200.551 0.324 0## ## Random effects:## NameModel##ID Besags ICAR model## ## Model hyperparameters:## mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode## Precision for ID 3.20 1.67 1.412.79 7.56 2.27## ## Expected number of effective parameters(stdev): 46.68(12.67)## Number of equivalent replicates : 6.02 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 904.12## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 374.75## Effective number of parameters .....................: 48.31## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 906.77## Effective number of parameters .................: 44.27## ## Marginal log-Likelihood: -685.70 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

BYM模型

Besag，York和Mollié模型包括两个潜在的随机效应：ICAR 潜在效应和高斯iid潜在效应。线性预测变量\（\ eta_i \）

为：

\ [

\ eta_i = \ alpha + \ beta AVGIDIST_i + u_i + v_i

\（u_i \）是iid高斯随机效应\（v_i \）是内在的CAR随机效应

## ## Call:## Time used:##Pre = 0.294, Running = 1, Post = 0.0652, Total = 1.36 ## Fixed effects:##mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## (Intercept) -0.123 0.052-0.227 -0.122-0.023 -0.121 0## AVGIDIST0.318 0.1210.075 0.3200.551 0.324 0## ## Random effects:## NameModel##ID BYM model## ## Model hyperparameters:## meansd 0.025quant 0.5quant## Precision for ID (iid component)1790.06 1769.02115.76 1265.24## Precision for ID (spatial component) 3.12 1.36 1.372.82## 0.975quant mode## Precision for ID (iid component) 6522.28 310.73## Precision for ID (spatial component) 6.58 2.33## ## Expected number of effective parameters(stdev): 47.66(12.79)## Number of equivalent replicates : 5.90 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 903.41## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 374.04## Effective number of parameters .....................: 48.75## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 906.61## Effective number of parameters .................: 45.04## ## Marginal log-Likelihood: -425.65 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

Leroux 模型

该模型是使用矩阵的“混合”（Leroux等人的模型）

定义的，以定义潜在效应的精度矩阵：

\ [

\ Sigma ^ {-1} = [（1-\ lambda）I_n + \ lambda M]; \ \ lambda \ in（0,1）

为了定义正确的模型，我们应采用矩阵\（C \）如下：

\ [

C = I_n – M; \ M = diag（n_i）– W

然后，\（\ lambda_ {max} = 1 \）和

\ [

\ Sigma ^ {-1} =

\ frac {1} {\ tau}（I_n- \ frac {\ rho} {\ lambda_ {max}} C）=

\ frac {1} {\ tau}（I_n- \ rho（I_n – M））= \ frac {1} {\ tau}（（1- \ rho）I_n + \ rho M）

为了拟合模型，第一步是创建矩阵\（M \）：

我们可以检查最大特征值\（\ lambda_ {max} \）是一个：

max(eigen(Cmatrix)$values)## [1] 1

## [1] 1

该模型与往常一样具有功能inla。注意，\（C \）矩阵使用参数

传递给f函数Cmatrix：

## ## Call:## Time used:##Pre = 0.236, Running = 0.695, Post = 0.0493, Total = 0.98 ## Fixed effects:##mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## (Intercept) -0.128 0.448-0.91 -0.1280.656 -0.126 0.075## AVGIDIST0.325 0.122 0.08 0.3270.561 0.330 0.000## ## Random effects:## NameModel##ID Generic1 model## ## Model hyperparameters:## mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode## Precision for ID 2.720 1.098 1.27 2.4895.480 2.106## Beta for ID0.865 0.142 0.47 0.9150.997 0.996## ## Expected number of effective parameters(stdev): 52.25(13.87)## Number of equivalent replicates : 5.38 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 903.14## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 373.77## Effective number of parameters .....................: 53.12## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 906.20## Effective number of parameters .................: 48.19## ## Marginal log-Likelihood: -474.94 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

空间计量经济学模型

空间计量经济学是通过对空间建模略有不同的方法开发的。除了使用潜在效应，还可以对空间依赖性进行显式建模。

同步自回归模型（SEM）

该模型包括协变量和误差项的自回归：

\ [

y = X \ beta + u;u = \ rho Wu + e;e \ sim N（0，\ sigma ^ 2）

\ [

y = X \ beta + \ varepsilon;\ varepsilon \ sim N（0，\ sigma ^ 2（I- \ rho W）^ {-1}（I- \ rho W'）^ {-1}）

空间滞后模型（SLM）

该模型包括协变量和响应的自回归：

\ [

y = \ rho W y + X \ beta + e;e \ sim N（0，\ sigma ^ 2）

\ [

y =（I- \ rho W）^ {-1} X \ beta + \ varepsilon; \ \ varepsilon \ sim N（0，\ sigma ^ 2（I- \ rho W）^ {-1}（I- \ rho W'）^ {-1}）

潜在影响`slm`

现在包括一个实验所谓的新的潜在影响slm，以符合以下模型：

\ [

\ mathbf {x} =（I_n- \ rho W）^ {-1}（X \ beta + e）

该模型的元素是：

\（W \）是行标准化的邻接矩阵。\（\ rho \）是空间自相关参数。\（X \）是协变量的矩阵，系数为\（\ beta \）。\（e \）是具有方差\（\ sigma ^ 2 \）的高斯iid误差。

该slm潜效果的实验，它可以与所述线性预测其他效果组合。

模型定义

为了定义模型，我们需要：

X：协变量矩阵W：行标准化的邻接矩阵Q：系数\（\ beta \）的精确矩阵范围\（\ RHO \），通常由本征值定义

slm潜在作用是通过参数传递args.sm。在这里，我们创建了一个具有相同名称的列表，以将所有必需的值保存在一起：

#Arguments for 'slm'args.slm = list(rho.min = rho.min ,rho.max = rho.max,W = W,X = mmatrix,Q.beta = Q.beta)

此外，还设置了精度参数\（\ tau \）和空间自相关参数\（\ rho \）的先验：

#rho的先验hyper.slm = list(prec = list(prior = "loggamma", param = c(0.01, 0.01)),rho = list(initial=0, prior = "logitbeta", param = c(1,1)))

先前的定义使用具有不同参数的命名列表。参数prior定义了使用之前param及其参数。在此，为精度分配了带有参数\（0.01 \）和\（0.01 \）的伽玛先验值，而为空间自相关参数指定了带有参数\（1 \）和\（1 \）的beta先验值（即a区间\（（（1，1）\））中的均匀先验。

模型拟合

#### Call:## Time used:##Pre = 0.265, Running = 1.2, Post = 0.058, Total = 1.52 ## Random effects:## NameModel##ID SLM model## ## Model hyperparameters:## mean sd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode## Precision for ID 8.989 4.1153.709 8.08519.449 6.641## Rho for ID 0.822 0.0730.653 0.8320.936 0.854## ## Expected number of effective parameters(stdev): 62.82(15.46)## Number of equivalent replicates : 4.47 ## ## Deviance Information Criterion (DIC) ...............: 902.32## Deviance Information Criterion (DIC, saturated) ....: 372.95## Effective number of parameters .....................: 64.13## ## Watanabe-Akaike information criterion (WAIC) ...: 905.19## Effective number of parameters .................: 56.12## ## Marginal log-Likelihood: -477.30 ## Posterior marginals for the linear predictor and## the fitted values are computed

系数的估计显示为随机效应的一部分：

round(m.slm$summary.random$ID[47:48,], 4)

## ID meansd 0.025quant 0.5quant 0.975quant mode kld## 47 47 0.4634 0.3107 -0.1618 0.46711.0648 0.4726 0## 48 48 0.2606 0.3410 -0.4583 0.27640.8894 0.3063 0

空间自相关以内部比例报告（即 0到1之间），并且需要重新缩放：

## Mean 0.644436 ## Stdev 0.145461 ## Quantile 0.025 0.309507 ## Quantile 0.25 0.556851 ## Quantile 0.5 0.663068 ## Quantile 0.75 0.752368 ## Quantile 0.975 0.869702

plot(marg.rho, type = "l", main = "Spatial autocorrelation")

结果汇总

NY8$ICAR <- m.icar$summary.fitted.values[, "mean"]NY8$BYM <- m.bym$summary.fitted.values[, "mean"]NY8$LEROUX <- m.ler$summary.fitted.values[, "mean"]NY8$SLM <- m.slm$summary.fitted.values[, "mean"]spplot(NY8[syracuse, ], c("FIXED.EFF", "IID.EFF", "ICAR", "BYM", "LEROUX", "SLM"),col.regions = rev(magma(16)))

注意空间模型如何产生相对风险的更平滑的估计。

为了选择最佳模型，可以使用上面计算的模型选择标准：