自西汉末今古文经学发生斗争，至东汉末，郑玄混合今古文陶俑西晋时期，今文失去统治地位而告一结束。魏晋时期，王肃(纯古文)郑玄两学派发
生斗争，以新注行世(王弼注《周易》、何晏注《论语》、杜预注《左传》)，王肃学派失败而告一结束。西汉以来博士所传今文章句之学，和汉儒贾(逵)马(融)等人的古文经学，都在晋怀帝永嘉之乱中归于消灭。以前的两次结束正为全部消灭作了必要的准备。原始儒学(秦以前)变为两汉经学(今文古文两派)，两汉经学变为魏晋经学，至此，经学本身也就无可再变，只等唐人替它作《正义》，保存汉魏各学派的一些残余。
老子《道德经》本来也属于唯物论方面，魏晋士人把它解释为唯心论，结合庄子的诡辩论，创立玄学。玄学盛行，经学衰退到次等位置上去了。不过，玄学也不是宗教，而统治阶级迫切需要的却是宗教，玄学必然要继经学而衰退。在经学玄学相继衰退中，佛教逐步兴盛起来，自魏晋起至隋唐止，经学在思想领域的统治地位，逐渐被佛教夺去，玄学和道教也夺得一部分，经学仅能保持传统的崇高名义。
古文经学只讲训诂名物，并无思想性，但唯物论倾向一般是存在着的。曹操禁内学(谶纬)，晋武帝禁星气谶纬之学。这种禁令多少受古文经学的影响，当然，主要的还是政治上原因。
两汉今文经师，一般是抱残守缺，穿凿附会的陋儒。古文经师比今文经师学问广博得多，但仍不能解脱传统的束缚。最显著的是《易》学，古文经师拘泥于象数卜筮，支离琐碎，可厌之处不比今文《易》学少些。王弼开始以玄理说《易》，推翻两汉今古文《易》学，标志着经学从两汉家法师法的束缚下解脱出来，思想活动比较自由一些了。魏晋经学以博采众说，不守一家之法一师之说为特征，就是思想比较自由一些的表现。
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