13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释

数据准备

首先还是同样的读入数据，进行一定的处理。我们同样用 VEP 注释后的 maf 文件，然后取出需要用到的几列

rm(list=ls())options(stringsAsFactors = F)library(dplyr)library(stringr)# 读入数据laml = read.maf(./7.annotation/vep/VEP_merge.maf)laml@data=laml@data[!grepl(^MT-,laml@data$Hugo_Symbol),] # 增加一列t_vaf，即肿瘤样本中突变位点的覆盖深度t_alt_count占测序覆盖深度t_depth的比值laml@data$t_vaf = (laml@data$t_alt_count/laml@data$t_depth)unique(laml@data$Tumor_Sample_Barcode)getSampleSummary(laml) getGeneSummary(laml) getFields(laml)mut = laml@data[laml@data$t_alt_count >= 5 &laml@data$t_vaf >= 0.05, c("Hugo_Symbol","Chromosome","Start_Position",

如果觉得《13 对发生拷贝数变异的基因进行 KEGG 注释》对你有帮助，请点赞、收藏，并留下你的观点哦！